Istorijos fakultetas siūlo rinktis tris humanitarinių mokslų srities studijų programas – Archeologija, Istorija, Kultūros istorija ir antropologija. Dvi iš jų – archeologija bei kultūros istorija ir antropologija – Lietuvos mastu yra išskirtinės bakalauro pakopos programos, nes yra siūlomos tik mūsų fakultete. Istorijos programa Lietuvos mastu yra ypatinga savo mediavistikos studijomis. Tai vienintelė vieta, kur studentas gali nuosekliai studijuoti Lietuvos viduramžių istoriją.
Nuo 2012 m. rugsėjo 1 d. Istorijos fakultetas siūlo atnaujintas programas, kurių skiriamasis bruožas - didesnės pasirinkimo galimybės. Archeologijos studijų programos studentai gali specializuotis bioarcheologijoje, istorijos programos – šaltinotyros ir archyvistikos, kultūros istorijos ir antropologijos – etninių mažumų istorijos ir antropologijos bei kultūrinio turizmo srityse.
Naujosios programos organizuojamos moduliniu principu, t.y. studijos tapo labiau orientuotos į dėstomų problemų integraciją, aktualiausių kompetencijų ugdymą. Studentams suteikta galimybė rinktis bet kurias gretutines studijas, siūlomas Vilniaus universitete. Studijų modulius dėsto tik aukštos kompetencijos specialistai – dalis jų savo moksliniais tyrimais yra pagarsėję ne tik Lietuvoje, bet ir užsienyje.
Atnaujintų bakalauro studijų programų studentai turi galimybę rinktis bet kurios VU siūlomos gretutinės krypties studijas.
Visos bakalauro studijų programos yra nuolatinės, jų apimtis 240 kreditų, trukmė - 4 metai.
Baigę Archeologijos, Istorijos ar Kultūros istorijos ir antropologijos studijų programas studentai toliau gali studijuoti Istorijos fakulteto siūlomas Archeologijos, Istorijos, Kultūros paveldo arba kitas humanitarinių ar socialinių mokslų magistrantūros studijų programas.
Studijų metu studentai gali vykti studijuoti į užsienio universititetus pagal ERASMUS ar kitas programas. Istorijos fakultetas yra sudaręs daugiau kaip 25 bendradarbiavimo sutartis su Europos universitetais.