Fakultete plėtojami tarptautiniu mastu svarbūs ir šių dienų visuomenei aktualūs (socialinę ir kultūrinę istorijos misijas atliekantys) mokslo tyrimai. Tyrimų sritys ir temos formuluojamos atsižvelgiant į fakulteto potencialą: susiformavusias stiprias mokslininkų grupes, užmegztus tarptautinius ryšius, rengiamas disertacijas.
Pagrindinės fakulteto vykdomų mokslo tyrimų sritys:
- Lietuvos istorija Vidurio Rytų Europoje: šaltiniai, istoriografija, paveldas, atmintis;
- Lietuvos archeologija: nuo akmens amžiaus iki moderniųjų laikų.
Šiuo metu akcentuojamos tyrimų temos:
- Baltijos regiono archeologija. Orientuojamasi į socialinių procesų ir struktūrų bei mikroregionų tyrimus. Pasitelkiami platesni kontekstai ir lyginamoji bei kraštovaizdžio archeologijos prieigos, naudojamasi naujais, taip pat ir gamtos mokslų, metodais (fakultete veikia Bioarcheologijos tyrimų centras);
- Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės studijos. Pastebimas augantis tarptautinės akademinės bendruomenės susidomėjimas LDK istorija, LDK studijos iš esmės yra tapusios atskira tarptautine tyrimų šaka. Fakultete yra išsikristalizavusios kelios temos tyrimų kryptis (istorinė, kultūros istorijos, atminties ir paveldo tyrimai), orientuojamasi į lyginamuosius ir tarpdisciplininius tyrimus. Senųjų LDK dokumentų tyrimus plėtoja ir šių šaltinių sklaida užsiima fakulteto Lietuvos Statutų ir Lietuvos Metrikos tyrimų centras;
- Sovietinio ir post-sovietinių laikotarpių studijos. Fakultete sovietikos tyrimai vykdomi nuo 1990-ųjų ir jie esmingai prisidėjo prie temos akademinio diskurso tendencijų Lietuvoje formavimo. Turimas įdirbis leidžia kurti naujas tyrimo strategijas ir plėtoti mokslo projektus;
- Etninių ir konfesinių grupių istorija. Fakultetas turi vieną iš didžiausią įdirbių regione nagrinėjant šią temą. Atliekami atitinkamų Lietuvos ir regiono grupių (bendruomenių) tyrimai, juos integruojant į platesnį tarptautinį kontekstą. Tyrimai taip pat pasižymi ir taikomuoju pobūdžiu bei bendradarbiavimu su viešuoju sektoriumi. Stiprinant šiuos tyrimus fakultete buvo įkurti Kultūrinių bendrijų studijų centras ir Rytų Europos žydų istorijos tyrimų centras;
- Kultūros paveldo studijos. Specializuojamasi XX a. paveldo, moderniosios architektūros ir ginčytino paveldo tyrimuose. Tyrimai plėtojami keliomis kryptimis – tarptautinio lygio mokslas, praktinis taikomasis aspektas, mokslo sklaida ir paveldosauginio sąmoningumo ugdymas.
2018 m. tarptautiniai ekspertai, įvertinę mokslinės veiklos kokybę, ekonominį ir socialinį poveikį bei perspektyvumą, Vilniaus universiteto istorijos fakultetą pripažinto nacionalinio ir tarptautinio masto istorinių ir archeologinių tyrimų lyderiu. Vertinimą organizavo Mokslo ir studijų stebėsenos ir analizės centras (Lietuva), vertinta 2013–2017 m. veikla. Su ekspertų išvadomis galite susipažinti čia.